Приликом чишћења, треба користити посебна средства за чишћење и меку крпу за нежно брисање рупа мреже анилок ваљка како би се спречило да тврди предмети оштете његову осетљиву структуру. Уклањање прашине са површине кућишта машине, вођица и отвора за одвођење топлоте серво мотора такође је кључно за обезбеђивање глатког одвођења топлоте и стабилног механичког кретања. Одржавање подмазивања мора строго пратити спецификације опреме и редовно додавати одређену маст вођицама, лежајевима и другим компонентама како би се смањио губитак трења и одржала дугорочна тачност флексографске штампарске машине. Поред тога, свакодневне инспекције заптивања пнеуматских цевовода и накупљања прашине у електричним ормарићима могу ефикасно спречити изненадне кварове.

Стабилност система флексографске штампарске машине зависи од двоструког одржавања хардвера и софтвера. Иако структура без преносника поједностављује механичку сложеност, и даље је потребно редовно проверавати затегнутост серво мотора и затегнутост синхроног каиша како би се избегло лабављење и одступање од регистрације. Што се тиче система управљања, неопходно је пратити параметре серво погона у реалном времену и калибрисати систем регистрације. Осетљивост сензора затезања и уређаја за вакуумску адсорпцију директно утиче на пренос материјала, а свакодневно чишћење и функционално тестирање су неопходни. Код дуготрајне употребе, управљање потрошним материјалом флексографског штампача је подједнако важно, као што је благовремена замена стругача и старих цеви за мастило, као и редовно прављење резервних копија параметара опреме како би се решиле аномалије података. Контрола температуре и влажности у радионичком окружењу може смањити деформацију материјала и електростатичке сметње, и додатно оптимизовати ефекат штампања. Само научним и систематским стратегијама одржавања флексографске штампарске машине могу наставити да испољавају своје предности високе прецизности и високе ефикасности, уз одржавање напора за олакшавање структурне оптимизације и технолошког напретка у индустријском екосистему штампе и паковања.